Na Paisagem Protegida da Albufeira do Azibo manifestam-se duas influências climáticas distintas: o clima mediterrânico e o clima atlântico. Esta junção dos dois climas permite que convivam espécies tipicamente mediterrânicas de folha persistente como a Azinheira e o Sobreiro com espécies caducifólias como o Carvalho-negral e o Carvalho-cerquinho. Estas duas últimas espécies, pelas metamorfoses características que vão sofrendo ao longo das estações do ano, conferem à paisagem uma riqueza acrescida de matizes na Primavera e no Outono.
Na realidade, ao valor natural, ecológico e paisagístico da Paisagem Protegida da Albufeira do Azibo é importante acrescentar o valor geológico, atendendo à proximidade e influência do Maciço de Morais, pois a PPAA está incluída, quase na sua totalidade, no Sítio de Morais (Rede Natura 2000).
O Maciço de Morais constitui a maior área contínua de rochas ultrabásicas de Portugal. Os solos resultantes deste tipo de rochas têm características peculiares, como a presença de metais pesados, sobretudo níquel e crómio, que originaram comunidades vegetais ricas em endemismos, de elevado valor natural. São exemplos, a Salgadeira (Alyssum serpyllifolium ssp. Lusitanicum), a Santolina Semidentata, a Arenária (Arenaria querioides ssp. Querioides), a Gramínea (Avenula Pratensis ssp. Lusitanica), a Antirrhinum braun-blanquetii e a Arméria (Armeria langei ssp. Langei) - exclusiva, em Portugal, do Maciço de Morais.
A área florestal que bordeia, ao longo de uma faixa alargada, toda a zona da Albufeira do Azibo é rica e diversificada, sendo dominada por algumas espécies florestais de grande valor. O Sobreiro (Quercus suber), a Azinheira (Quercus rotundifolia), o Carvalho-cerquinho (Quercus faginea), o Carvalho-negral (Quercus pyrenaica), bem como o Freixo (Fraxinus angustifolia) e ainda alguns exemplares de Pinheiro-bravo (Pinos pinaster) e de Castanheiro (Castanea sativa)
A Gilbardeira (Ruscus aculeatus) tem como característica principal ramos modificados que assumem a aparência de folhas que terminam numa espécie de espinho. O seu fruto, que surge na mesma altura que o do azevinho, é uma baga vermelho vivo. Como as suas 'folhas" picam, esta planta foi em tempos utilizada para afastar os ratos dos alimentos que eram pendurados nas adegas e nas cozinhas tradicionais, sendo por isso conhecida pelo nome de Pica-rato. Por ser uma planta muito resistente, dela se faziam vassouras, os vasculhos, que eram utilizadas para limpar chaminés. A Gilbardeira é também conhecida por outras designações, Azevinho-espinhoso, Azevinho-pequeno, Erva-de-vasculho, Gibaldeira, Gibardeira, Murta-espinhosa, e Pica-rato. Para além do seu valor ornamental, a Gilbardeira possui propriedades terapêuticas, diuréticas, sudoríferas e laxantes, que os boticários há muito conhecem.
O Sobreiro e a Azinheira tanto ocorrem na forma de bosques densos e pouco intervencionados pelo Homem, como em maciços esparsos e moldados pela Acão humana (montados de sobro e azinho). Todos eles apresentam um enorme valor ecológico, económico e social, sendo considerados dos mais bem conservados no norte de Portugal.
É de relevo uma mancha densa e bem conservada de Carvalho-cerquinho ou português (Q. faginea subsfaginea) onde não há intrusão de sobreiros. É um fenómeno raro na zona e resulta do facto de o solo nessa área em particular ter um carácter ultrabásico, que impede o desenvolvimento do Sobreiro.
Nos bosques de azinhais e sobreirais ocorrem também a Gilbardeira (Ruscus aculeatus) e o Narciso (Narcissus trian-drus), ambos incluídos na Directiva Ha-bitats, e a vistosa Rosa-albardeira (Paeonia broteri), enquanto que nos carvalhais surgem belas e raras Orquídeas.
Nos matos arbustivos abundam a Esteva (Cistus sp.), a Giesta (Cytisus sp.) e a Urze (Erica sp.) que pintalgam de cores os montes durante a floração.
Nas margens do Rio Azibo e das Ribeiras de Azibeiro e do Reguengo, que afluem à Albufeira, há uma rica vegetação ripícola, onde abunda o Junco (Uuncus sp), a Tabua (Thypha latifolia) e, ao nível arbustivo e arbóreo, o Salgueiro (Salix atrocinerea, Salix salvifolius), o Freixo (Fraxinus angustifolia) e o Amieiro (Alnus glutinosa). Esta vegetação é também frequente nas margens de menor pendente da Albufeira nas quais ocorreu a deposição de algum solo sobre o substrato rochoso.
Nas proximidades dos aglomerados populacionais, as manchas de verde da paisagem tomam outra configuração e função. Nesta zona, predominantemente agrícola, dominam os regadios (lameiros, hortas e pomares) e as culturas extensivas de sequeiro. Mais afastadas dos povoados há ainda vastas áreas de olivais e pastagens.
Os macrofungos, cujas estruturas reprodutoras são conhecidas por cogumelos, são outro fascinante grupo de seres vivos que aqui ocorre. Espécies de elevado teor gastronómico corno o Amanita-dos-césares (Amanita caesarea) e a Trombeta-dos-mortos (Cratarellus cornocu-pioides), partilham o chão do bosque com outros belos fungos como o Amanita-pantera (Amanita panthe-rina) e a Ramária (Ramaria stricta).